一、在定义上的区别
1、天猫旗舰店：是商家以企业自有品牌入驻淘宝商城，所开设的店铺就要称为该品牌的“官方旗舰店”。
2、天猫专营店：企业在淘宝商城同一级类目下经营多个(至少两个)品牌，此类店铺称为“专营店”。
二、在经营主体上的区别
1、天猫旗舰店：自有品牌企业(品牌须为申请开店的企业所有或企业法定代表人所有)。
2、天猫专营店：在中国大陆注册的企业法人。
三、在经营范围上的区别
1、天猫旗舰店：同一品牌、同一个一级类目下的所有产品。
2、天猫专营店：没有明确规定。四、在品牌资质上的区别
1、天猫旗舰店：国家商标总局颁发的商标注册证或商标受理通知书，也就是说要要注册商标。
2、天猫专营店：自有品牌和他人品牌。
天猫商城旗舰店是商家以企业自有品牌入驻到天猫商城，所开设的店铺称为该品牌的“官方旗舰店” ，这些商家必须是自有品牌企业，营销资质必须有国家商标总局颁发的商标注册证或商标受理通知书 ，经营的产品为同一品牌、同一个一级类目下的所有产品。在所有的天猫商城店铺类型中，店来店往小编觉得天猫商城旗舰是最有权威的，同样也是入驻规定最高的，所以想要入驻天猫商城旗舰店的一定要私下查阅好相关的资料。
